S PAPERLESSHR můžete využívat jak elektronické podpisy (využívající kvalifikovaný certifikát pro elektronický podpis) tak vlastnoruční tzv. „biometrické podpisy“. Dokonce můžete oba druhy podpisů kombinovat v jednom dokumentu. Např. často podepisující osoby jako HR manažeři využijí elektronický podpis, běžní zaměstnanci se podepisují vlastnoručně „biometrickým podpisem“ na signpad.
Podpisy se vkládají se do PDF-A dokumentů (archivní formát pro dlouhodobou archivaci dle ISO 19005-2:2011) a opatřují se časovým razítkem (potvrzuje obsah dokumentu v okamžiku podpsání, slouží k ověření nezměněnosti dokumentu v pozdější době). U biometrických podpisů se navíc využívá jejich šifrování proti zneužití (pomocí RSA 4096bit asymetrické šifry). Veškeré kroky zpracování a podepsání dokumentů (kdy, kdo, co) se také ukládají v auditní stopě.